我国转基因抗虫棉在发展中也存在一些问题，主要是构建的基因多，用于生产的少；转化的方法多，规模效率高的少；审定的品种多，有突破性的少；经营的企业多，有竞争力的少；推广的品牌多，有影响力的少。分析起来主要是以下原因造成的：体制上，条块分割，各自为战；机制上，封闭运行，内战内行；管理上，计划色彩浓厚，政出多头；观念上，很多企业宁做鸡头、不当凤尾，所以很难做大做强。
发展的思路与对策措施
我国转基因棉进一步发展的总体思路是要全面提升技术创新与产业化能力，特别是良种的产业化能力，要以棉种龙头企业为主体，以科技创新为依托，以产权关系为纽带，以法律法规为保障，形成棉种产业化体系，培养一批能够参与国际竞争的棉种企业。具体对策措施有：在技术上，选育优异品种；在营销上，培植龙头企业；在管理上，加速安全性评价并加强棉种管理；在支持政策上，要靠政府项目拉动，企业力量推动。作者：全国农业技术推广服务中心主任 夏敬源
作为一个中国的种子企业，既承担着自身的生存和发展的责任和任务